在巢湖市办理第二类医疗器械经营许可证，实际上是需要进行第二类医疗器械经营备案，因为根据相关法规，第二类医疗器械实行的是备案制而非许可制。以下是办理第二类医疗器械经营备案所需的手续和步骤：
一、准备申请材料
1. 第二类医疗器械经营备案表；
2. 企业营业执照；
3.企业法定代表人或者负责人、质量负责人、质量机构负责人或专职质量管理人员、养护、售后、技术等人员的身份证、学历、职称证明；
4. 经营场所和库房的地理位置图、平面图、房屋产权文件或者租赁协议；
5. 主要经营设施、设备；
6. 经营质量管理制度、工作程序等文件。
二、提交申请并备案将准备好的申请材料提交给巢湖市食品药品监督管理部门进行备案。备案部门将对提交的资料进行审核，确认材料的真实性、完整性和准确性。
三、等待审核结果提交申请后，需耐心等待食品药品监督管理部门的审核结果。如果审核通过，将会获得第二类医疗器械经营备案凭证，即可以开始合法经营第二类医疗器械。
请注意，以上流程和所需材料可能因地区和政策变化而有所不同，建议在申请前咨询当地食品药品监督管理部门以获取Zui新信息和具体要求。办理医疗器械经营许可证或备案需要满足一定的条件和要求，包括具备相应的储存条件、质量管理人员等，应确保在申请前仔细了解相关法规和要求。